Gatunki podlegające ochronie ścisłej:
- Aconitum callibotryon - tojad sudecki
- Aconitum degenii subsp. degenii - tojad wiechowaty
- Aconitum firmum - tojad mocny
- Aconitum lasiocarpum - tojad wschodniokarpacki
- Aconitum lycoctonum subsp. vulparia -tojad lisi
- Aconitum moldavicum - tojad mołdawski
- Aconitum tauricum - tojad taurycki
- Aconitum variegatum - tojad dzióbaty
- Adonis vernalis - miłek wiosenny
- Anacamptis pyramidalis - koślaczek stożkowaty
- Anemone narcissifolia - zawilec narcyzowy
- Anemone sylvestris - zawilec wielkokwiatowy
- Angelica archangelica subsp. archangelica - arcydzięgiel litwor
- Anthericum liliago - pajęcznica liliowata
- Aquilegia vulgaris - orlik pospolity
- Arnica montana - arnika górska
- Aruncus sylvestris - parzydło leśne
- Atropa belladonna - pokrzyk wilcza jagoda
- Betula humilis - brzoza niska
- Betula nana - brzoza karłowata
- Betula x oycoviensis - brzoza ojcowska
- Blechnum spicant - podrzeń żebrowiec
- Carlina acaulis - dziewięćsił bezłodygowy
- Carlina onopordifolia - dzieięćsił popłocholistny
- Cephalanthera damasonium - buławnik wielkokwiatowy
- Cephalanthera longifolia - buławnik mieczolistny
- Cephalanthera rubra - buławnik czerwony
- Cerasus fruticosa - wiśnia karłowata
- Chamaecytisus albus - szczodrzeniec zmienny
- Chamaedaphne calyculata - chamedafne północna
- Chamorchis alpina - potrostek alpejski
- Chimaphila umbellata - pomocnik baldaszkowy
- Cimicifuga europaea - pluskwica europejska
- Cirsium pannonicum - ostrożeń pannoński
- Clematis recta - powojnik prosty
- Cochlearia polonica - warzucha polska
- Coeloglossum viride - ozorka zielona
- Colchicum autumnale - zimowit jesienny
- Corallorhiza trifida - żłobik koralowy
- Crocus scepusiensis - szafran spiski, krokus
- Cypripedium calceolus - obuwik pospolity
- Dactylorhiza baltica - kukułka (storczyk) bałtycka
- Dactylorhiza fuchsii - kukułka (storczyk) Fuchsa
- Dactylorhiza incarnata - kulkułka (storczyk) krwisty
- Dactylorhiza maculata - kukułka (storczyk) plamista
- Dactylorhiza majalis - kukułka (storczyk) szerokolistna
- Dactylorhiza russowii - kukułka (storczyk) Russowa
- Dactylorhiza ruthei - kukułka (storczyk) Ruthego
- Dactylorhiza sambucina - kukułka (storczyk) bzowa
- Dactylorhiza traunsteineri - kukułka (storczyk) Traunsteinera
- Daphne cneorum - wawrzynek główkowy
- Daphne mezereum - wawrzynek wilczełyko
- Dianthus arenarius - goździk piaskowy
- Dianthus armeria - goździk kosmaty
- Dianthus collinus subsp. glabriusculus - goździk łysy
- Dianthus compactus - goździk skupiony
- Dianthus glacialis - goździk lodowcowy
- Dianthus gratianopolitanus - goździk siny
- Dianthus nitidus - goździk lśniący
- Dianthus plumarius subsp. praecox - goździk wczesny
- Dianthus speciosus - goździk okazały
- Dianthus superbus - goździk pyszny
- Dictamnus albus - dyptam jesionolistny
- Digitalis grandiflora - naparstnica zwyczajna
- Digitalis purpurea - naparstnica purpurowa
- Diphasiastrum alpinum - widlicz (widłak) alpejski
- Diphasiastrum complanatum - widlicz (widłak) spłaszczony
- Diphasiastrum issleri - widlicz (widłak) Isslera
- Diphasiastrum tristachyum - widlicz (widłak) cyprysowy
- Diphasiastrum zeilleri - widlicz (widłak) Zeillera
- Doronicum austriacum - omieg górski
- Drosera anglica - rosiczka długolistna
- Drosera intermedia - rosiczka pośrednia
- Drosera rotundifolia - rosiczka okrągłolistna
- Echium russicum - żmijowiec czerwony
- Epipactis albensis - kruszczyk połabski
- Epipactis atrorubens - kruszczyk rdzawoczerwony
- Epipactis helleborine - kruszczyk szerokolistny
- Epipactis leptochila - kruszczyk ostropłatkowy
- Epipactis microphylla - kruszczyk drobnolistny
- Epipactis muelleri - kruszczyk Muellera
- Epipactis palustris - kruszczyk błotny
- Epipactis purpurata - kruszczyk siny
- Epipogium aphyllum - storzan bezlistny
- Equisetum telmateia - skrzyp olbrzymi
- Erica tetralix - wrzosiec bagienny
- Eryngium maritimum - mikołajek nadmorski
- Fritillaria meleagris - szachownica kostkowata
- Galanthus nivalis - śnieżyczka przebiśnieg
- Gentiana clusii - goryczka Klusjusza
- Gentiana cruciata - goryczka krzyżowa
- Gentiana frigida - goryczka przezroczysta
- Gentiana nivalis - goryczka śniegowa
- Gentiana pneumonanthe - goryczka wąskolistna
- Gentiana punctata - goryczka kropkowana
- Gentiana verna - goryczka wiosenna
- Gentianella amarella - goryczuszka (goryczka) gorzkawa
- Gentianella baltica - goryczuszka (goryczka) bałtycka
- Gentianella bohemica - goryczuszka (goryczka) czeska
- Gentianella campestris - goryczuszka (goryczka) polna
- Gentianella ciliata - goryczka orzęsiona
- Gentianella germanica - goryczuszka (goryczka) Wettsteina
- Gentianella lutescens - goryczuszka (goryczka) wczesna
- Gentianella tenella - goryczuszka (goryczka) lodnikowa
- Gentianella uliginosa - goryczuszka (goryczka) błotna
- Gladiolus imbricatus - mieczyk dachówkowaty
- Gladiolus paluster - mieczyk błotny
- Glaux maritima - mlecznik nadmorski
- Goodyera repens - tajęża jednostronna
- Gymnadenia conopsea - gółka długoostrogowa
- Gymnadenia odoratissima - gółka wonna
- Gypsophila paniculata - łyszczec (gipsówka) wiechowaty
- Hammarbya paludosa - wątlik błotny
- Hedera helix - bluszcz pospolity
- Herminium monorchis - miodokwiat krzyżowy
- Hierochloë odorata - turówka wonna
- Hippophaë rhamnoides - rokitnik zwyczajny
- Huperzia selago - widłak wroniec
- Iris aphylla - kosaciec bezlistny
- Iris graminea - kosaciec trawolistny
- Iris sibirica - kosaciec syberyjski
- Isoëtes echinospora - poryblin kolczasty
- Isoëtes lacustris - poryblin jeziorny
- Jovibarba hirta subsp. glabrescens - rojownik (rojnik) włochaty
- Jovibarba sobolifera - rojownik (rojnik) pospolity
- Lathyrus laevigatus - groszek wschodniokarpacki
- Lathyrus latifolius - groszek szerokolistny
- Leontopodium alpinum - szarotka alpejska
- Leucoium vernum - śnieżyca wiosenna
- Leucorchis albida - gołek białawy
- Lilium martagon - lilia złotogłów
- Linnaea borealis - zimoziół północny
- Linosyris vulgaris - ożota zwyczajna
- Linum flavum - len złocisty
- Linum hirsutum - len włochaty
- Liparis loeselii - lipiennik Loesela
- Listera cordata - listera sercowata
- Listera ovata - listera jajowata
- Lobelia dortmanna - lobelia jeziorna (stroiczka wodna)
- Lonicera periclymenum - wiciokrzew pomorski
- Lycopodiella inundata - widłaczek (widłak) torfowy
- Lycopodium annotinum - widłak jałowcowaty
- Lycopodium clavatum - widłak goździsty
- Malaxis monophyllos - wyblin jednolistny
- Matteucia struthiopteris - pióropusznik strusi
- Muscari comosum - szafirek miękkolistny
- Myrica gale - woskownica europejska
- Neottia nidus-avis - gnieźnik leśny
- Neottianthe cucullata - kukuczka kapturkowata
- Nuphar lutea - grążel żółty
- Nuphar pumila - grążel drobny
- Nymphaea alba - grzybienie białe
- Nymphaea candida - grzybienie północne
- Nymphoides peltata - grzybieńczyk wodny
- Ophrys insectifera - dwulistnik muszy
- Orchis coriophora - storczyk cuchnący
- Orchis mascula - storczyk męski
- Orchis militaris - storczyk kukawka
- Orchis morio - storczyk samiczy
- Orchis pallens - storczyk blady
- Orchis palustris - storczyk błotny
- Orchis purpurea - storczyk purpurowy
- Orchis tridentata - storczyk trójzębny
- Orchis ustulata - storczyk drobnokwiatowy
- Ornithogalum collinum - śniedek cienkolistny
- Ornithogalum umbellatum - śniedek baldaszkowaty
- Osmunda regalis - długosz królewski
- Oxytropis pilosa - ostrołódka kosmata
- Pedicularis sceptrum-carolinum - gnidosz królewski
- Pedicularis sylvatica - gnidosz rozesłany
- Phyllitis scolopendrium - języcznik zwyczajny
- Phyteuma orbiculare - zerwa kulista
- Pinus cembra - limba
- Pinus mugo - sosna kosa
- Pinus x rhaetica - sosna błotna
- Platanthera bifolia - podkolan biały
- Platanthera chlorantha - podkolan zielonawy
- Polemonium coeruleum - wielosił błękitny
- Primula farinosa - pierwiosnek (pierwiosnka) omączony
- Pulsatilla alba - sasanka alpejska
- Pulsatilla patens subsp. patens - sasanka otwarta
- Pulsatilla pratensis - sasanka łąkowa
- Pulsatilla slavica - sasanka słowacka
- Pulsatilla vernalis - sasanka wiosenna
- Pulsatilla vulgaris - sasanka zwyczajna
- Rhododendron luteum - różanecznik żółty
- Rubus chamaemorus - malina moroszka
- Salix lapponum - wierzba lapońska
- Salix myrtilloides - wierzba borówkolistna
- Salvinia natans - salwinia pływająca
- Scopolia carniolica - lulecznica kraińska
- Scorzonera purpurea - wężymord stepowy
- Sempervivum montanum - rojnik górski
- Silene lithuanica - lepnica litewska
- Sorbus intermedia - jarząb szwedzki
- Sorbus torminalis - jarząb brekinia, brzęk
- Spiranthes spiralis - kręczynka jesienna
- Staphylea pinnata - kłokoczka południowa
- Stipa borysthenica - ostnica piaskowa
- Stipa capillata - ostnica włosowata
- Stipa joannis - ostnica Jana
- Stipa pulcherrima - ostnica powabna
- Swertia perennis - niebielistka trwała
- Taxus baccata - cis pospolity
- Tofieldia calyculata - kosatka kielichowa
- Trapa natans - kotewka orzech wodny
- Traunsteinera globosa - storczyca kulista
- Trollius altissimus - pełnik alpejski
- Trollius europaeus - pełnik europejski
- Veratrum album - ciemiężyca (ciemierzyca) biała
- Veratrum lobelianum - ciemiężyca (ciemierzyca) zielona
- Veratrum nigrum - ciemiężyca (ciemierzyca) czarna
- Vinca minor - barwinek pospolity
Gatunki podlegające chronie częściowej:
- Arctostaphylos uva-ursi - mącznica lekarska
- Asarum europaeum - kopytnik pospolity
- Carex arenaria - turzyca piaskowa
- Centaurium erythraea - centuria pospolita
- Convallaria majalis - konwalia majowa
- Frangula alnus - kruszyna pospolita
- Galium odoratum - przytulia (marzanka) wonna
- Gentiana asclepiadea - goryczka trojeściowa
- Helichrysum arenarium - kocanki piaskowe
- Hierochloë australis - turówka leśna
- Ledum palustre - bagno zwyczajne
- Ononis spinosa - wilżyna ciernista
- Polypodium vulgare - paprotka zwyczajna
- Primula elatior - pierwiosnek (pierwiosnka) wyniosły
- Primula veris - pierwiosnek (pierwiosnka) lekarski
- Ribes nigrum - porzeczka czarna
- Viburnum opulus - kalina koralowa