Zasięgiem
obejmuje większą część Europy, jednak bez Wysp Brytyjskich i Półwyspu Jutlandzkiego,
dochodząc na północ do wybrzeży Bałtyku, najdalej do Łotwy. Areał ten jest silnie
porozrywany i w większości już tylko historyczny. W Polsce zachował się jedynie
w niektórych regionach, najliczniej na Pomorzu, Mazurach, Podlasiu, Polesiu
Lubelskim i Ziemi Lubuskiej. Pojedyncze znaleziska tego zwierzęcia trafiają
się w różnych częściach kraju, jednak poza górami. 
Stwierdzony w parkach narodowych: 
Brak dobrego rozeznania, jednak szacuje się, że w całym kraju żyje najprawdopodobniej 700-800 osobników. Największe naturalne ostoje utrzymały się na Polesiu i w obszarze pomorsko-lubuskim.
Zasiedla
płytkie zbiorniki wodne - stawy, jeziorka, torfianki,
starorzecza oraz tereny bagienne, zwłaszcza
obfitujące w oczka wodne. Do jego preferowanych
siedlisk należą też leniwie płynące, nizinne
rzeki. Spotyka się go ponadto w stawach rybnych, w rowach melioracyjnych i kanałach.
Gody odbywa w kwietniu lub na początku maja. Kopulacja i zapłodnienie następuje
w wodzie. W końcu maja lub na początku czerwca samice składają 9-18 jaj w miejscach
o luźnym gruncie, zazwyczaj w piaszczystej wydmie, w pobliżu wody.
Jaja zostają złożone do wykopanej przez samicę jamki, którą zaraz żółwica starannie zasypuje. Rozwój zarodków trwa ok. 100 dni, a młode wykluwają się w pierwszej dekadzie września i zaraz podążają do wody lub zakopują się w podłożu. W naszych szerokościach geograficznych w chłodne lata część złożeń nie zdąża się rozwinąć, część natomiast pada pastwą drapieżników (np. lisy). Przezimować udaje się tylko części populacji, zwłaszcza tym młodym osobnikom, które zdążyły ukryć się przed jesiennymi przymrozkami w ziemi w miejscach o łagodnym mikroklimacie. Przypuszcza się, że szczególnie niski wskaźnik reprodukcji cechuje populacje najbardziej wysunięte na północ, gdzie tylko nieliczne złoża przechodzą w porę rozwój zarodkowy.
Gatunek jest najbardziej zagrożony zmianami siedliskowymi, zwłaszcza osuszaniem bagien, melioracjami dolin rzecznych i zasypywaniem drobnych zbiorników wodnych. W ubiegłych stuleciach był powszechnie wyławiany dla celów konsumpcyjnych, np. na DolnymŚląsku i terenach nadodrzańskich. Dużo tych zwierząt było wyłapywanych przez człowieka jeszcze w ostatnich kilkudziesięciu latach, wiele z nich ginie na drogach pod kołami samochodów i innych pojazdów. Populacje żółwi, poza klimatem i warunkami pogodowymi, są silnie ograniczane przez drapieżnictwo lisa, jenota, kuny i niektórych ptaków krukowatych. Gatunek ten jest objęty w kraju ochroną gatunkową (Dz. U. nr 13 z 1995 r., poz. 61), wprowadzona do "Polskiej czerwonej księgi zwierząt" (1992) w kategorii gat. wymierających (E), w edycji z 2001 r. zaliczona do kat. bardzo wysokiego ryzyka (EN). Podlega Konwencji Berneńskiej (App. II), a niektóre jego stanowiska specjalnie objęto ochrona rezerwatową (np. rezerwat Jezioro Orłowo Małe k. Nidzicy, rez. Ostoja Żółwia Błotnego k. Leszna, rez. Żółwiowe Błota k. Włodawy) lub korzystają z ochrony obszarowej ustanowionej w innym celu (np. rez. Borowiec k. Zwolenia, Poleski PN). W kilku regionach kraju prowadzi się aktywną ochronę żółwia błotnego poprzez doinkubowywanie jaj późno złożonych i narażonych na straty oraz reintrodukcję odchowanych młodych.